Dyrektorem nowo powstałej Akademii Baroniusza (niem. Baronius-Akademie) – bo taką nazwę nadano uczelni na cześć wybitnego oratorianina sł. Bożego Cezarego Baroniusza – został ustanowiony ks. dr Tomasz Jatzkowski. Ks. Jatzkowski otrzymał trudne zadanie szybkiego zorganizowania trzyletniego studium filozofii, a w dalszej perspektywie także kursu teologii. W tym dziele wspierają go naukowcy i nauczyciele akademiccy korzystający z posługi duszpasterskiej w kościele św. Afry. Rok akademicki 2012/2013 zainaugurowano 5 listopada.
Naukę w Akademii Baroniusza rozpoczęli dwaj klerycy ISPN – jeden z nich to Marcin Góral, przed laty brat zakonny FSSPX, później postulant i nowicjusz w zgromadzeniu Synów Najświętszego Odkupiciela (dawni Redemptoryści Zaalpejscy) – oraz kilkunastoosobowa, zróżnicowana wiekowo grupa osób świeckich (źródło: institut-philipp-neri.de, 6 lipca i 13 listopada 2012).
Instytut Św. Filipa Nereusza powstał w 2003 r., a jego założycielami byli niegdysiejsi członkowie i współpracownicy Bractwa Kapłańskiego św. Piusa X. 26 maja 2004 r., decyzją kard. Dariusza Castrillona Hoyosa, ówczesnego przewodniczącego Papieskiej Komisji Ecclesia Dei, instytut został erygowany jako stowarzyszenie życia apostolskiego na prawie papieskim. W 2007 r. księża należący do instytutu objęli tradycjonalistyczną katolicką parafię św. Marcina w Püttlingen-Köllerbach (diecezja trewirska), obsługiwaną dotąd przez nieposiadającego statusu kanonicznego o. Bernarda Ulitzkę OFM, który również wstąpił w szeregi ISPN.